Aplikacja wykonywana na serwerze aplikacji może się wykonywać bezpośrednio na koncie w ramach którego pracuje serwer Terminal (autoryzacja przez Terminal) lub w ramach konta innego użytkownika Windows (autoryzacja przez Windows). W przypadku pracy w ramach konta użytkownika Windows, aplikacja pracuje ze środowiskiem i uprawnieniami wybranego użytkownika Windows. Wprowadzenie możliwości wykorzystania kont Windows do wykonywania aplikacji umożliwia jej dokładniejszą kontrolę na poziomie systemu operacyjnego.
